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El año 2000, gracias a la invitación del entonces rector de la Universidad del Desarrollo, Ernesto Silva Bafalluy (QEPD), la Universidad del Desarrollo (UDD) y la Clínica Alemana de Santiago se proponen crear una Facultad de Medicina en conjunto, cuyo eje será la vocación de emprendimiento y la responsabilidad pública, así como la adhesión a la conducta ética y el apego al trabajo bien hecho .

En marzo de 2001 se reúnen autoridades de la Corporación Chileno-Alemana de Beneficencia y miembros del Consejo Directivo de la UDD para dar vida a una “Facultad Ciencias de la Salud”, que entregaría una base sólida constituida por una cultura científica, ética y de servicio.

En julio de ese año se firma un acuerdo de colaboración entre la UDD y la Clínica Alemana para la creación de la Facultad, innovadora alianza a la que dos meses después se une el Hospital Padre Hurtado (HPH), a través de la firma de un convenio docente asistencial. De esta manera, el HPH se convierte en el principal campo clínico de la Facultad, además de un socio estratégico.

En 2002 la Facultad recibe a su primera promoción de estudiantes en las carreras de Medicina y Enfermería.

Además, para respaldar la base científica y ética de los alumnos, a partir del 2002 se crean centros/institutos de investigación, hoy reunidos en torno al Instituto de Ciencias e Innovación en Medicina (ICIM).