El año 2000, gracias a la invitación del entonces rector de la Universidad del Desarrollo (UDD), Ernesto Silva Bafalluy (QEPD), la UDD y la Clínica Alemana de Santiago se proponen crear una Facultad de Medicina en conjunto, cuyo eje será la vocación de emprendimiento y la responsabilidad pública, así como la adhesión a la conducta ética y el apego al trabajo bien hecho.
En marzo de 2001 se reúnen autoridades de la Corporación Chileno-Alemana de Beneficencia y miembros del Consejo Directivo de la UDD para dar vida a una “Facultad Ciencias de la Salud”, que entregaría una base sólida constituida por una cultura científica, ética y de servicio.
En julio de ese año se firma un acuerdo de colaboración entre la UDD y la Clínica Alemana, para la creación de la Facultad de Medicina Clínica Alemana Universidad del Desarrollo, innovadora alianza a la que dos meses después se une el Hospital Padre Hurtado (HPH), a través de la firma de un convenio docente asistencial. De esta manera, el HPH se convierte en el principal campo clínico de la Facultad, además de un socio estratégico.
En 2002 la Facultad recibe a su primera promoción de estudiantes en las carreras de Medicina y Enfermería.
Además, para respaldar la base científica y ética de los alumnos, a partir del año 2002 se crean centros/institutos de investigación, hoy reunidos en torno al Instituto de Ciencias e Innovación en Medicina (ICIM).
En pro de la calidad pedagógica, el año 2003 se crea un área encargada de capacitar continuamente a los profesionales en la docencia, actualmente denominado Centro de Desarrollo Educacional (CDE).
Desde 2003 se han suscrito convenios docentes-asistenciales con distintas instituciones, como los centros de salud de las municipalidades de La Granja, San Ramón y La Pintana y el Hogar de Cristo, y el Instituto Nacional del Cáncer, entre otros.
En 2004 se edificó un módulo docente de 1.000 mts2 adosado al HPH, que cuenta con el equipamiento necesario para clases y discusión de casos clínicos. A la fecha, la Facultad ha construido tres módulos docentes, infraestructuras orientadas tanto al ámbito asistencial como docente.
En 2005 ingresó la primera generación de Odontología; mientras que el 2007 lo hicieron los alumnos de Nutrición y Dietética, Tecnología Médica, Kinesiología y Fonoaudiología.
El 2009 se inaugura el edificio de la Clínica Odontológica UDD, en la comuna de La Florida, principal campo clínico de la carrera de Odontología y que además cuenta con instalaciones para actividades docentes asistenciales de las carreras de Kinesiología, Fonoaudiología, Nutrición y Dietética, y Psicología.
En 2019 la carrera de Obstetricia abre sus puertas a la primera generación de matronas, mientras que en 2020 se incorpora Terapia Ocupacional, completando de esta manera nueve carreras de pregrado.
En el ámbito de Postgrado, actualmente la Facultad ofrece programas de Postítulos de Especialización y Subespecialización en Clínica Alemana, Instituto Nacional del Cáncer y el Hospital Padre Hurtado.
